Na de ontdekking van Amerika in 1502 door Christopher Colombus en de reizen van Gil González Dávila in 1520 kwamen in 1524 de eerste Spaanse nederzettingen op toenmalig Indiaans territorium. Tegen 1529 was Nicaragua veroverd en werd het verdeeld over de verschillende conquistadores (veroveraars) die het land als het hunne beschouwden. Veel van de oorspronkelijke bevolking stierf in de oorlog of door de nieuwe ziektes uit Europa, anderen werden ingeschakeld als slaven of verscheept naar andere landen van de Nieuwe wereld.

De steden Granada en León zagen in die tijd het levenslicht en zouden met elkaar blijven wedijveren om de hoofdstad van toenmalig Nicaragua te worden. De strijd tussen het liberale León en het conservatieve Granada mondde uit in een burgeroorlog tussen 1840 en 1850. Daaropvolgend werd de Amerikaan William Walker door de liberalen in de arm genomen om het tij te keren. Hij greep de macht en benoemde zichzelf tot president. Dat bleef hij tenminste tot 1857. Hij werd verdreven. Daarna zouden de conservatieven drie decennia aan de macht blijven.

De Amerikanen kwamen terug in 1909 om delen van Nicaragua te controleren. Generaal Augusto C. Sandino slaagde er in om ze na een jarenlange guerrilla in 1933 weer weg te drijven. Met de staat sloot generaal Sandino een overeenkomst die hem amnestie bood en een stuk land waarop hij een agrarische gemeenschap startte. Desondanks werd hij in 1934 vermoord door president Somoza. Tot op heden blijft generaal Auguso C. Sandino voor de Nicaraguanen een toonbeeld van burgerlijke ongehoorzaamheid en emancipatie.

Ondertussen leed Nicaragua onder het dictatorschap van de Somoza familie. Met hun 43-jarig beleid (1927-1979) waren zij de langst regerende familie in de geschiedenis van Nicaragua. In 1961 richtte Carlos Fonseca de "Frente Sandinista de Liberación Nacional" of FSLN op (Sandinistisch Front voor Nationale Bevrijding). Deze sociaal-democratische partij wilde met harde hand een einde maken aan de dictatuur van Somoza. Een bloederige strijd brak los en in 1979 werd de dictatuur omvergeworpen. Daarna werd er een democratie opgestart met aan het hoofd de belangrijkste militante Sandinisten (vernoemd naar de generaal Sandino).

De V.S. waren niet gelukkig met deze uitkomst en vanwege de koude oorlog zagen ze in Nicaragua een extra dreiging. Dit kwam door hun goede contacten met o.a. Cuba. Daaropvolgend werden er Amerikaanse troepen geïnstalleerd om de voormalige republiek te herstellen. De jaren tachtig werden getekend door een bloedige burgeroorlog. In 1990 won de rechtse partij de verkiezingen. Vermoedens spelen echter dat vanwege een nieuwe dreiging van oorlog en geweld onder druk van de V.S., veel Nicaraguanen hun stem aanpasten en niet pro-sandinisten durfden stemmen. Violeta Chamorro, de verpersoonlijking van alle antisandinistische partijen, werd de eerste democratisch verkozen, vrouwelijke president van de 'Americas'. Hoewel het inkomen per inwoner nog sterker daalde, slaagde ze er wel in om na 10 jaar burgeroorlog de rust te laten wederkeren.

Nog tot 2006 houdt V.S. een vinger in de pap en worden er steeds anti-sandinistische presidenten gekozen. Ondanks de dreiging om alle buitenlandse en Amerikaanse hulp te stoppen, wordt op 5 november 2006 de Sandinist Daniel Ortega democratisch gekozen tot president. In 2011 wordt hij opnieuw gekozen als president van Nicaragua. In november 2016 zijn er opnieuw verkiezingen.